En raison du déplacement des coupes d'Afrique des nations dans les années impaires à partir de 2013, les qualifications pour la CAN 2013 doivent être rapides et auront donc un système très différent par rapport aux précédentes formules. Pour ce nouveau système, les sélections s’affronteront sur deux tours par élimination directe selon le principe des matchs aller-retour. C'est pendant la CAN 2012 que le 1er tour aura lieu. Les équipes non qualifiées pour la CAN 2012 s'affronteront ce qui permettra de dégager 15 équipes. Pour le second tour, il y aura donc les équipes qui se sont qualifiée durant le 1er tour, et l'entrée en lice des équipes ayant participé à la CAN 2012. le tirage de ce tour aura lieu le 28 octobre a 17h00 heure Malabo.